Kaikki Isosäkylän koulun oppilaat muodostavat koulun oppilaskunnan. Heitä edustaa äänestyksellä valittu oppilaskunnan hallitus, jossa on 1-2 jäsentä jokaisesta opetusryhmästä. Oppilaskunnan hallitus valitsee keskuudestaan puheenjohtajan ja sihteerin. Oppilaskunnan työtä ohjaa kaksi opettajaa.