Oppilas valitaan joustavaan perusopetukseen oppilaan tai huoltajan hakemuksesta. Oppilaita valittaessa heihin on sovellettava yhdenvertaisia valintaperusteita. Opetuksen järjestäjä päättää oppilasvalinnan perusteista ja valintamenettelystä. Oppilasvalinnasta tehdään hallintopäätös joka valmistellaan moniammatillisesti. Jos yksittäinen oppilas siirtyy pois joustavasta perusopetuksesta ennen perusopetuksen päättymistä, tehdään joustavan perusopetuksen päättymisestä hallintopäätös.