Mangaa luokitellaan kohderyhmän ja lajityypin mukaan. Kohderyhmä määräytyy sen mukaan, mille ryhmälle suunnatussa mediassa teos on julkaistu. Kohderyhmä korreloi usein mutta ei läheskään aina lajityypin kanssa.

Sarjat on yleensä suunnattu tietylle kohderyhmälle:

• seinen – 青年, "nuori mies", miehille suunnattu manga. Hyvin sekalainen valikoima lajityyppejä hyvin synkistä ja väkivaltaisista jännityssarjoista esimerkiksi kissanpennun kommelluksista kertovaan Chi's Sweet Home -sarjaan.
• josei – 女性, "nuori nainen", naisille suunnattu manga. Sisältää pitkälti tytöille suunnattujen sarjojen "aikuisversioita", jotka esimerkiksi sijoittuvat työelämään tai kotiympäristöön koulun sijaan ja käsittelevät ihmissuhteita eri tavoin.
• shōnen – 少年, "poika, nuorukainen", pojille suunnattu manga, jossa on yleensä paljon toimintaa ja huumoria. Saattaa sisältää esimerkiksi itämaisia taistelulajeja, romantiikkaa tai seksuaalisia tilanteita. Esimerkiksi Dragon Ball ja Ranma ½.
• shōjo – 少女, "tyttö, nuori nainen", tytöille suunnattu manga, esimerkiksi Fruits Basket. Aiheena on usein kouluelämä, ihmissuhteet tai fantasiaseikkailut.
• kodomo – 子供, "lapsi", lapsille suunnattu sarja, esimerkiksi erilaiset Pokémon-pelisarjaan perustuvat sarjakuvat ja huippu suosittu Doraemon.
• muita kohderyhmiä on useita, esimerkiksi eläkeläisille on omia sarjoja, joita julkaistaan nimenomaan ikääntyville suunnatuissa julkaisuissa. Kohderyhmän ja teemajulkaisun käsitteiden raja on häilyvä.
• dōjinshi – 同人誌, epävirallisia kanavia myöten julkaistu manga, joka on usein amatöörien piirtämää fanitaidetta tai parodiaa. Myös jotkut ammattilaiset piirtävät doujinshia: esimerkiksi Maki Murakami on piirtänyt lukuisia kustantajalle liian roiseja lisäosia omista sarjoistaan.

Alle on listattu mangalle tyypillisiä erikoislajityyppejä. Näiden lisäksi mangassa esiintyy länsimaalaisillekin tuttuja lajityyppejä, kuten esimerkiksi toiminta, jännitys, draama, seikkailu, tieteiskertomus, dokumentti ja komedia.

• harem – ハレム, usein romanttinen ja pikkutuhma komedia, jossa perusrakenteena on päähenkilö ja tämän ympärille kertyvä joukko romanttisesti kiinnostuneita vähintään kolme. Tyyppillisessä haremisarjassa päähenkilö on miespuolinen ja vähintään naispuolista henkilöä, esimerkiksi sarjassa "To Love-ru" tai "Highschool DXD". Tilanne voi olla myös käänteinen, esimerkiksi sarjoissa Ouran High School Host Club ja Fruits Basket.
• ecchi (エッチ, "rivo, tuhma") ja hentai (変態, "outo, perverssi") eli eromanga: eroottinen manga, joka voi sisällöltään vaihdella pikkutuhmasta vilauttelusta ja törmäilystä täyteen pornoon. Japanissa "ecchi" on kiertoilmaisu, jolla voidaan viitata eroottiseen toimintaan tai materiaaliin ja tarkoittaa siis samaa kuin eromanga; länsimaissa "ecchi" on vakiintunut tarkoittamaan pikkutuhmaa erotiikkaa ja "hentai" pornografista erotiikkaa.
• taikatyttögenre – lajityyppi, jossa päähenkilö on taikavoimia hallitseva tyttö. Taikatyttösarjoissa yhdistyy yleensä yliluonnollinen toiminta ja seikkailu arkipäiväisempään ihmissuhde- ja kouluteemaan. Tunnettuja sarjoja ovat esimerkiksi Sailor Moon ja Tokyo Mew Mew.
• mecha – manga, jonka pääsisältöä ovat humanoideja muistuttavat ulkoiset haarniskat sekä tekniset laitteet, esimerkiksi Gundam ja Tenkū no Escaflowne.
• shōnen’ai tai yaoi – 少年愛, poikien välistä rakkautta kuvaava manga, esimerkiksi Gravitation. Japanissa ei tehdä eroa termien välillä, länsimaissa ne ovat vakiintuneet tarkoittamaan teoksia, joissa kuvataan (yaoi) tai ei kuvata seksiä (shōnen’ai).
• shōjoai tai yuri – 少女愛, tyttöjen välistä rakkautta kuvaava manga. Japanissa ei tehdä eroa termien välillä, länsimaissa ne ovat vakiintuneet tarkoittamaan teoksia, joissa kuvataan (yuri) tai ei kuvata seksiä (shōjoai).