Tiedekäytäntölähtöisen oppimisen toteuttamisessa on vaiheet, jossa työskennellään yksin (omien havaintojen kokoaminen, oman mallin rakentaminen), parin kanssa (kokeellisen työskentely, yhteisen mallin rakentaminen) ja ryhmässä (työskentelyn suunnittelu, kokeellinen työskentely, mallien vertailu ja yhteisen työstäminen). Konkreettisesti nämä pohditaan teeman ja tunnin rakenteen perusteella.

Kemian luokkatilan järjestäminen uuden pedagogisen ajattelun mukaan voi sisältää seuraavia elementtejä:
1. kokeelllisen työskentelyn tila - työskennellään mm. työturvallisuussyistä seisaaltaan
2. työpöydät ryhmitelty ryhmätyöskentelyä varten
3. opettajalle mahdollistettu työskentely langattomasti

kemianluokka ennen järjestelyjä	kemianluokka nykyään