Ketcher-ohjelmassa on oma molekyylien kirjasto (Structure libary). Se löytyy alemmasta vaakarivivalikosta SL-merkistä. Rakennekirjasto sisältää koko joukon molekyylejä ja funktionaalisia ryhmiä. 


Samassa kohdassa on myös lueteltu ja esitelty viivakaavat perusliuottimille ja suoloille. Nimet kyllä noudattavat triviaalinimeämistä ei IUPAC:in mukaista nimeämistä.