Ketcherin toiminnallisuuksia
Vaakavalikon toiminnallisuudet
Vaakavalikon ikonit kuvaavat seuraavia toimintoja:
Open.. - Avaa tiedosto (kts. alla MarvinSketch-tiedostojen avaaminen)
Save As.. - Tallenna
Copy (MOL, KET, Image) - Kopioi tiedostomuodoissa MOL tai KET tai kuvana
Paste - Liitä
Cut - Leikkaa
Undo - Peruuta toiminto
Do - Tee toiminto
Aromatize - Aromaattinen rakenne (rengas)
Dearomatize - Muuntaa aromaattisen rakenteen Keküle-muotoon
Layout - Aseta molekyyli työpöydälle oikeaan 2D-muotoon keskelle työpöytää
Clean Up - Siivoa molekyyli - tämä kannattaa tehdä käytännössä aina.
Calculate CIP - Laskee ja näyttää mahdolliset isomeriat (kun avaruusgeometriaa kuvattu ja kun niiden näyttö on sallittu, Asetukset / Stereokemia)
Check Structure - Ilmoittaa mahdollsista virheistä ja antaa lisätietoja (mm. isomeriaan liittyen)
Calculated values - ilmoittaa erillisessä ikkunassa piirretyn molekyylin kemiallisen kaavan, moolimassa ja alkuaineiden suhteelliset osuudet.
Add/Remove explicit hydrogens - lisää ja poistaa vetyatomit molekyylistä (jos lisää vedyt, muista asentaa myös hiiliatomit näkyviin)
Viimeisenä (joka ei näy kuvassakaan) 3D-painike ei tuota oikeita 3D-malleja, joten sen käyttöä kannattaa välttää. Antaa ainoastaan tasomaisia rakenteita.
* * * * * *
Muilla (oikeilla) 3D-mallinnusohjelmilla voi avata mm. SMILES-muodossa tallnnettuja molekyylejä. Kuvassa näkyy yksi kuvatiedostomuoto (SVG).
Toiminto Ilmoittaa mahdollsista virheistä ja antaa lisätietoja (mm. isomeriaan liittyen, kts. kuva).
Ikonien toiminnallisuudet
Clear canvas - Tyhjennä työpöytäOpen.. - Avaa tiedosto (kts. alla MarvinSketch-tiedostojen avaaminen)
Save As.. - Tallenna
Copy (MOL, KET, Image) - Kopioi tiedostomuodoissa MOL tai KET tai kuvana
Paste - Liitä
Cut - Leikkaa
Undo - Peruuta toiminto
Do - Tee toiminto
Aromatize - Aromaattinen rakenne (rengas)
Dearomatize - Muuntaa aromaattisen rakenteen Keküle-muotoon
Layout - Aseta molekyyli työpöydälle oikeaan 2D-muotoon keskelle työpöytää
Clean Up - Siivoa molekyyli - tämä kannattaa tehdä käytännössä aina.
Calculate CIP - Laskee ja näyttää mahdolliset isomeriat (kun avaruusgeometriaa kuvattu ja kun niiden näyttö on sallittu, Asetukset / Stereokemia)
Check Structure - Ilmoittaa mahdollsista virheistä ja antaa lisätietoja (mm. isomeriaan liittyen)
Calculated values - ilmoittaa erillisessä ikkunassa piirretyn molekyylin kemiallisen kaavan, moolimassa ja alkuaineiden suhteelliset osuudet.
Add/Remove explicit hydrogens - lisää ja poistaa vetyatomit molekyylistä (jos lisää vedyt, muista asentaa myös hiiliatomit näkyviin)
Viimeisenä (joka ei näy kuvassakaan) 3D-painike ei tuota oikeita 3D-malleja, joten sen käyttöä kannattaa välttää. Antaa ainoastaan tasomaisia rakenteita.
* * * * * *
MarvinSketch -tiedostojen avaaminen
Ohjelma avaa myös MarvinSketch-tiedostoja (keskimmäinen valinta). Pitää hyväksyä muunnos (open as new project). Ketcher ei tallenna MarvinSketch-tiedostona, sillä on sekä oma tiedostomuoto että lukuisa määrä muita.
Muilla (oikeilla) 3D-mallinnusohjelmilla voi avata mm. SMILES-muodossa tallnnettuja molekyylejä. Kuvassa näkyy yksi kuvatiedostomuoto (SVG).
Calculate CIP - Isomerian laskeminen
Stereokemian (isomerian) kuvaaminen esitelty omassa kohdassa.Check Stucture
Toiminto Ilmoittaa mahdollsista virheistä ja antaa lisätietoja (mm. isomeriaan liittyen, kts. kuva).
Calculated Values
Ketcher tulostaa piirretystä molekyylistä kemiallisen kaavan, moolimassan (erikseen määritetyllä desimaalilla varustettuna) ja alkuaineiden suhteellisen osuuden.