Valitettavasti Ketcher EI OLE molekyylimallinnusohjelma sen varsinaisessa merkityksessä. Sillä voi piirtää molekyylejä 2D-muotoon ja reaktioyhtälöitä. Molekyylien mallinnus (3D) ei ohjelmalla onnistu. Tämän vuoksi opetuksessa olisi suotavaa käyttää jotain mallisuohjelmaa, josta on kokemusta MarvinSketch-ohjelman osalta. 

MarvinSketch-ohjelman kohdalla on laajasti ollut vaikeuksia lisenssien ja asentamisen osalta, mikä saattaa helposti aiheuttaa sen, että tyydytään Ketcherin helpon käyttöönton vuoksi siihen. Ennen sähköisiä ylioppilaskirjoituksia ja sinne tuolloin tuodan MarvinSketchin sijaan käytössä oli (ja myös jaettu osana oppikirjoja) ChemSketch-ohjelma. 

ChemSketch-ohjelmaa on ylläpidetty edelleen ja sen voi ladata osoitteesta: https://www.acdlabs.com/resources/free-chemistry-software-apps/chemsketch-freeware/ . 

On olemassa myös muita ilmaisia molekyylimallinnusohjelmia, esim. Avogadro (https://sourceforge.net/projects/avogadro/).