Peilikuvaisomeriassa asymmetriseen (kiraaliseen) hiileen on kiinnittyneenä neljä erilaista atomia, hiiliketjua tai toiminnallista ryhmää. Viereisessä kuvassa vasemman puoleiseen hiileen on liittyneenä hydroksyyliryhmä -OH, aminoryhmä NH₂, karboksyyliryhmä -COOH ja vety-atomi, mikä ei näy viivakaavassa (kuva).

Kuvissa on käytössä siis viivakaava-oletus (Edit | Preferences | Carbon Labels | Never ja View | Implicit Hydrogens | On Hetero).

Alemmassa kuvassa näkyvä kysymysmerkki viittaa siihen, että ko. hiiliatomi on asymmetrinen (kiraalinen) eli peilikuvasymmetrian aiheuttava hiiliatomi. Ohjelma tunnistaa peilikuvaisomerian aiheuttavat hiiliatomit, jos ko. asetus on laitettu päälle. Alla olevassa kuvassa näkyy valinta, jolla saa ensin kysymysmerkin näkyviin: View | Stereo | R/S Labels | All Possible. Oletusarvona ohjelmassa on se, ettei se anna tätä tietoa.