Aineita sanotaan toistensa isomeereiksi, jos niillä on sama molekyylikaava, mutta erilainen rakenne.

Erilaisten sidoksien ja cis-trans-isomeriassa esiintyvien kaksoissidosten piirtäminen tapahtuu esim. vasemman reunan painikkeilla. (Kuva 3). Kolme ensimmäistä valintaa kuvaavat perussidoksia (yksikertainen, kaksois- ja kolmoissidos).

Single Up ja Single Down -valinnat mahdollistavat 2D-ympäristössä kolmiulotteisen piirtämisen (Up kuvaa tilannetta, jossa atomi on tasosta ylöspäin, Down kuvaa tasosta alaspäin olevaa atomia). Näillä valinnoilla voidaan työstää peilikuvaisomeerien tarkentaa kuvaamista (kts. myöhemmin).

Sidoksien piirtämisestä on oma kohtansa. Tässä paneudutaan eri isomerialajeihin ja MarvinSketch -ohjelman mahdollisuuksiin. Rakenneisomerian osalta ohjelma ei anna erityisiä apuja. Sitävastoin stereoisomeriassa MarvinSketch osoittaa molekyylistä kohdat, joissa ilmenee cis-trans-isomeriaa (ohjelma tuntee sen E/Z-isomeriana) tai peilikuva- eli optista isomeriaa (R/S-isomeriaa).