Massaspektrien tulkinnassa on huomioitava se, että alkuaineiden eri isotoopit vaikuttavat spektreihin. Alunperin massaspektrimetriaa käytettiinkin eri isotooppien määrittämiseen alkuaineilla. Vaikka MarvinSketchin massaspektrit ovat typistettyjä (vain spektrin oikea reuna esitetty), niihin on jätetty M+1 piikkejä. Nämä ovat hiilen harvemmista isotoopeista johtuvia. Alla esimerkki (poimittu kemian opettajien vertaisryhmän keskustelusta). 

Seuraavaksi kaksi MarvinSketchin massaspektriä, joissa hiilen isompien isotooppien aiheuttamat M+1 ja M+2-piikit näkyvät. Mitä enemmän hiiliatomeja, istä suurempi mahdollisuus on sillä, että isompia isotooppeja on molekyyleissä. 


Ohjeessa laajemmin isotooppien merkityksestä ja näkymisestä massaspektreissä.