ChemSkethissä tallennus tehdään valikosta File > Save tai Save as. ChemSketchin oletustallennusformaatti on .sk2. Siinä muodossa tallennettu työ voidaan avata myöhemmin uudestaan ChemSkethissä.

Save as -valinta tarjoaa lisäksi ison kasan muita tiedostotyyppejä, kuten esimerkiksi .mol-tiedoston. Molekyyli (.mol) -tiedosto tallentaa molekyylipiirroksen 3D-mallina, joka voidaan avata 3D-ohjelmistoissa (esim. Jmolissa tai Avogadro).

Tallennusvalikon alaosassa on vielä muutama kuvatiedosto (.tif, .gif tai .png).