Kemiallisessa puhdistamisessa veteen lisätään erilaisia aineita. Niiden tarkoituksena on tappaa pieneliöitä tai saostaa veteen liuenneita haitallisia aineita. Talousveteen lisätään usein klooria, joka on pieneliöille myrkyllistä. Myös otsonilla on sama vaikutus.

 

Retkeilijöille myydään tabletteja juomaveden kemialliseen puhdistamiseen. Yksi tabletti lisätään vesikuppiin. Puolen tunnin päästä pieneliöt ovat kuolleet ja vesi on juomakelpoista.