Biologisesta puhdistamisesta huolehtivat pienet eliöt, bakteerit. Luonnosta löytyy bakteereita, jotka syövät jopa raakaöljyä. Bakteereita käytetään myös raudan poistamiseen talousvedestä.

 

Isoissa pyöreissä altaissa bakteerit käyttävät veden haitallisia aineita ravinnokseen. Lopulta bakteerit vajoavat pohjalle ja pinnalta kerätään puhdasta vettä.