Monet metallit ovat haitallisia ympäristölle, varsinkin vesieliöstölle. Niiden haitallisuus riippuu siitä, onko metalli alkuaineena vai ionimuodossa. Vain osa metallien aiheuttamista vahingoista johtuu ihmisen toiminnasta. Suuri osa johtuu maaperän ja vesistöjen luonnollisesta aineiden kiertokulusta.

Ionimuodossa oleva metalli on yleensä haitallisempi kuin alkuainemuodossa oleva metalli. Se johtuu siitä, että ionimuodossa metalli liukenee veteen, kun taas alkuainemuotoiset metallit liukenevat veteen huonosti tai eivät ollenkaan.

Sellaiset olosuhteet, joissa metalli-ioneja liukenee veteen mahdollisimman vähän, pienentävät niiden aiheuttamia ongelmia ihmisille ja luonnolle. Metallin liukenemista voidaan ehkäistä huolehtimalla oikeasta veden pH:sta sekä happi- ja suolapitoisuudesta. Matala pH edistää metallin liukenemista veteen, samoin korkea happipitoisuus ja korkea suolapitoisuus.

Erityisen haitallisia, jopa myrkyllisiä, ovat raskasmetallien, kuten kuparin, lyijyn, kadmiumin ja elohopean ionit. Ne ovat erityisen haitallisia, koska ne kerääntyvät elimistön rasvakudoksiin ja rikastuvat ravintoketjussa. Suomessakin on järviä, joiden haukikalojen syöntiä on täytynyt rajoittaa niiden korkeiden elohopeapitoisuuksien takia. Elohopea on päässyt vesistöön lähinnä metsäojitusten kautta.

Metallien jalostusteollisuus on ottanut Suomessa ympäristöasiat vakavasti ja se on sitoutunut kestävän kehityksen periaatteisiin sekä kehittänyt alaan liittyvää ympäristöteknologiaa ja on joillain aloilla edelläkävijä maailmassa.

Kaivosteollisuudessa ympäristön metallikuormitusta on vaikeampi hallita, sillä sen toiminta tapahtuu keskellä luontoa, ja varsinkin uusien menetelmien kehittelyssä edetään usein yrityksen ja erehdyksen kautta. Tällöin voi syntyä vakavia ja laajalle alalle ulottuvia ympäristövahinkoja.

Luonnon ja taloudellisuudenkin kannalta tehokkain tapa on metallien kierrätys. Sillä voidaan kattaa merkittävä osa teollisuuden raaka-ainetarpeesta. Esimerkiksi alumiinin sulattaminen vaatii vain 5 % siitä energiasta, joka kuluu sen valmistamisessa bauksiitista. Bauksiitti on alumiinipitoista malmia, joka koostuu suurelta osin alumiinihydroksidista (Al(OH)₃).