Jyväskylän kristillisen koulun opetussuunnitelman laadinnassa ovat olleet osallisia koulun henkilökunnan lisäksi myös huoltajat ja oppilaat. Opetussuunnitelman hyväksyy opetuksen järjestäjä, Jyväskylän kristillisen koulun yhdistys ry:n hallitus. Opetussuunnitelman laadinnassa on tehty yhteistyötä kristillisten koulujen verkoston kanssa sekä huomioitu Jyväskylän kaupungin järjestämän perusopetuksen opetussuunnitelman ja Jyväskylän normaalikoulun opetussuunnitelman paikalliset ratkaisut. Opetussuunnitelmaa työstetään Pedanet- ympäristössä, jonne valmis opetussuunnitelma jää luettavaksi.

Opetusuunnitelman perusteosan valmistelusta vastaa rehtori ja aineosat laaditaan koulun opettajien toimesta huomioiden kunkin ammatillinen ja oppiaineen osaaminen. Alakoulun opettajat tekevät yhteistyötä aineenopettajien kanssa. Oppilashuoltoa ja kodin ja koulun yhteistyötä koskevien osuuksien laadinnasta kunnan sosiaali- ja terveyspalveluiden kanssa vastaavat erityisopettaja ja oppilaan ohjaaja. Oppilaita ja huoltajia otetaan mukaan arvokeskusteluun nettikyselyn, vanhempainiltojen ja oppilaskunnan kautta. Huoltajat ovat myös mukana opetussuunnitelmaprosessin suunnittelussa ja toteutuksessa koulun johtokunnan ja koulun yhdistyksen hallituksen kautta. Opetussuunnitelman arviointi ja sen tuottaman tiedon pohjalta tehtävä tarpeellinen kehittämistyö tehdään vuosittain rehtorin johdolla ennakkosuunnitelman mukaan.

Opetussuunnitelma laaditaan ja hyväksytään suomenkielistä opetusta varten. Opetus järjestetään vuosiluokittain etenevänä, pääosin ainejakoisena. Se noudattaa valtakunnallisten perusteiden rakennetta, josta on jätetty pois ne osat oppimisen järjestelyistä, joita koulu ei tarjoa. Täydentäviä paikallisia suunnitelmia ovat aamu- ja iltapäivätoiminnan suunnitelma sekä tietostrategia.

Yhteistyö ala- ja ylävaiheen nivelen kanssa järjestetään yhteistyössä Jyväskylän kaupungin kanssa ja lisäksi erikseen kristillisten päiväkotien kanssa. Siirtymävaiheiden yhteistyö hoidetaan päiväkoteihin erityisopettajan ja tulevan ensimmäisen luokan opettajan johdolla sekä lukioihin ja muihin toisen asteen oppilaitoksiin oppilaanohjaajan toimesta.

Oppilashuolto järjestetään yhteistyössä Jyväskylän kaupungin sosiaali- ja
terveydenhuollon toimeenpanoon kuuluvien virkamiesten kanssa. Jyväskylän kaupungin nimeämät
terveydenhoitaja, koulupsykologi ja koulukuraattori kuuluvat koulumme oppilashuoltoryhmiin. Terveydenhoitaja kuuluu lisäksi koulumme kriisiryhmään. Oppilashuollollista yhteistyötä on kuvattu tarkemmin oppilashuoltosuunnitelmassa.

Oppilaanohjaus järjestetään opetussuunnitelman perusteiden ja paikallisen opetussuunnitelman määräämällä tavalla, joka on esitetty ohjaussuunnitelmassa.