Siilillä on varsin vähän luonnollisia vihollisia. Ketun, mäyrän ja isojen petolintujen tiedetään saalistavan siilejä ravinnokseen.
Ketut eivät todennäköisesti uhkaa hyväkuntoisia aikuisia siiliä, sillä niillä ei ole varsinaisesti tekniikkaa siilin kerän aukaisemiseen.
Mäyrä pystyy aukaisemaan pitkillä kynsillään ja voimakkailla etukäpälillään kerällä olevan siilin. Siilien onkin todettu välttävän alueita, joissa on paljon mäyriä.
Nuorta siiliä uhkaavat useammat eläimet. Esimerkiksi varis, harakka ja lokit voivat nokkia pienen siilin kuoliaaksi, sillä lintujen nokat ovat vielä pienen siilin piikkejä pidemmät. Nuoria siilejä syövät myös näätä, kärppä ja rotat.
Siilin ensimmäinen tapa puolustautua on juosta karkuun.
Jos karkuun ei pääse, niin siili jäykistyy paikoilleen ja nostaa refleksinomaisesti piikit pystyyn. Ensin siili nostaa otsapiikkinsä. Jos se ei auta, se nostaa loputkin piikkinsä. Siili osaa myös kallistella piikistöään tarvittaessa puolelta toiselle kohti vastustajaa.
Jos edellä kerrotuista huolimatta vaara jatkuu, siiliä kosketetaan tai siili jää tappelussa häviölle, se vetäytyy osittain tai viimeisessä hädässä kokonaan palloksi piikkiensä suojiin. Kerälle meno tapahtuu vain parissa sekunnissa, ja se on mahdollista erityisten ja monimutkaisten selkää ja kylkiä peittävien iholihasten ansiosta. Siili voi pysytellä pallona tuntikausia.
Pohjoisessa siilin selviytymistä vaikeuttaa kesäkauden lyhyys, sillä siili tarvitsee vähintään 155 vuorokautta pariutumiseen, tiinehtimiseen, poikasten vieroittamiseen ja niiden kasvamiseen kyllin isoiksi talvea varten.
Siili tarvitsee puiden lehtiä pesäaineikseen ja pohjoisessa lehtipuita on vähän.
Siilin vararavinto ei riitä juuri seitsemää kuukautta pitempään talvihorrokseen. Siilien talvikuolleisuus onkin pohjoisessa suuri.
