Kääpälän koulupäivä jaksottuu kuljetusten mukaan koulun ollessa hyvin vahvasti koulukuljetusten piirissä. Sitä kautta välituntirakenne seuraa koulun alkamisen ja päättymisen sykliä, joka tarkentuu sen jälkeen, kun koulukuljetusten aikataulut ovat tiedossa. Välitunnit ovat yleisesti 15 minuutin mittaisia ja ne vietetään pääsääntöisesti ulkona. Sisävälitunti voidaan pitää ulkolämpötilan ollessa -20 astetta Celsiusta tai kylmempi. Koulun henkilökunta valvoo sekä välitunteja että kuljetusoppilaita ennen koulun alkua ja koulun jälkeen.
Päivänavaus toteutuu Kääpälän koulussa yhteisesti maanantaisin ensimmäisten oppituntien aikana. Aamunavauksen suunnittelemisesta ja toteutumisesta vastaavat koulun henkilökunta sekä Valkealan seurakunta vuoroviikoin.
Koulun yhteisiä tapahtumia ovat muun muassa joulu- ja kevätjuhla ja oppilaskunnan ideoimat erilaiset teemapäivät ja –tapahtumat. Myös muita tapahtumia on, mutta niiden sisältö tarkentuu myöhemmin lukuvuoden aikana.