Joustavan perusopetuksen oppilaiden valinnaisaineiden on mahdollista poiketa koulun muiden oppilaiden opetussuunnitelmassa määritellyistä valinnaisaineista. Valinnaisaineet on mahdollista opiskella joko osin tai kokonaan yleisopetuksen ryhmissä aineopettajien johdolla. JOPO-luokkien oppilaiden valinnaisaineiksi voidaan kirjata myös työpaikkajaksoilla tehtäviä opintokokonaisuuksia tai niiden osia.