JOPO-luokkien oppilashuolto toimii osana koulun yhteisöllistä ja yksilökohtaista oppilashuoltoa. Joustavan perusopetuksen oppilaille tulee antaa tehokas pedagoginen ja oppilashuollollinen tuki ja hänelle on pyrittävä rakentamaan riittävän tehokas turvaverkko.