Kannuksen lukiossa toisen asteen yhteistyön rinnalla toteutetaan myös yliopistojen, ammatti- ja tiedekorkeakoulujen kanssa tehtävää yhteistyötä. Eri kouluasteiden välisellä yhteistyöllä pyritään lisäämään opiskelijoiden yksilöllisiä valintamahdollisuuksia sekä tuomaan eri oppilaitosten opetuksen vahvuusalueet opiskelijoiden ulottuville. Yhteistyömuodot muotoutuvat eri oppiaineiden ja opintokokonaisuuksien kehittämistyön tuloksena.

Ammatti-, tiedekorkeakoulujen ja yliopistojen kanssa tehtävä yhteistyö tukee opiskelijoiden ammatinvalinnanohjausta. Korkeakoulujen opiskelijat vierailevat Kannuksen lukiolla kertomassa omista opiskelupaikoistaan ja lukiolaiset tekevät opintovierailuja vuosittain yliopistoihin ja korkeakouluihin. Lisäksi lukio-opiskelijoiden suorittamia korkeakoulujen verkko-opintoja voidaan tunnustaa lukio-opintoihin.

Korkea-asteen oppilaitosten kanssa tehdään yhteistyötä mm. luonnontieteellisissä oppiaineissa. Merkityksellisinä yhteistyötahoina nähdään Kokkolan yliopistokeskus, Centria-ammattikorkeakoulu, Keski-Pohjanmaan ja Oulun yliopiston LUMA-keskukset ja Helsingin yliopiston eläinlääketieteellinen tiedekunta. Kansainvälisesti yhteistyötä tehdään mm. Tarton yliopiston eläinlääketieteellisen tiedekunnan kanssa.

Kannuksen lukio pyrkii omalta osaltaan edistämään paikkakunnan omien vahvuuksien tiedostamista. Opetuksellista yhteistyötä tehdään lähiseudun tutkimuslaitosten, yritysten ja paikallisyhdistysten kanssa. Luonteva yhteistyö elinkeinoelämän kanssa palvelee Kannuksen lukion yleisiä tavoitteita. Elinkeinoelämän kanssa tehtävästä yhteistyössä ovat tunnusomaisia monipuoliset opintokäynnit ja asiantuntijavierailijat niin yrityselämästä kuin yhteiskuntaelämän eri sektoreilta.