Kannuksen lukio on mukana Keski-Pohjanmaan toisen asteen koulutuksen järjestäjien välisessä yhteistyössä. Verkoston päätehtävänä on kehittää yhteistyössä laadukasta alueen toisen asteen koulutusta Yhteistyö on edennyt vaiheittain paikallisen tason yhteistyöstä kohti maakunnallisen tason yhteistyötä. Keväällä 2009 käynnistettiin kaksivuotinen toisen asteen yhteyshanke pitkään jatkuneen yhteistyön edelleen kehittämiseksi. Hanketta edelsi maakunnallisen toisen asteen koulutuksen järjestäjien välisen yhteistyösopimuksen laatiminen ja yhteistyöryhmän perustaminen. Hankkeen tuloksena syntyi toisen asteen yhteistyöstrategia. Sen mukaan yhteistyötä haluttiin toteuttaa ja kehittää verkostona yhteistyösopimuksen ja strategian pohjalta, ilman hallinnollisia uudelleenjärjestelyjä. Kaikkien osapuolten ensisijaisena tavoitteena oli yhteistyön avulla edistää opiskelijoiden mahdollisuuksia yksilöllisten opintopolkujen rakentamiseen alueen opintotarjontaa hyödyntämällä.

Syksyllä 2015 hyväksyttiin verkoston yhteistyöstrategia 2020, johon on kirjattu arvot, tavoitteet ja toimenpiteet tavoitteiden saavuttamiseksi.

Kannuksen lukion tärkeimpiä toisen asteen yhteistyökumppaneita ovat Keski-Pohjanmaan ammattiopiston ja aikuiskoulutuksen Kannuksen toimipaikka, jonka kanssa on toteutettu yhdistelmätutkintoa jo vuodesta 2003. Toisen asteen yhteishaun uudistuksen (2014) vuoksi opiskelija ei enää hae suorittamaan yhdistelmätutkintoa vaan hänelle tarjotaan vain mahdollisuus siihen. Tämä on johtanut ko. tutkinnon suorittavien määrän laskuun. Tämä ei merkitse yhteistyön loppumista. Ammattiopiston opiskelijat voivat suorittaa opintoja lukiossa tavoitteenaan ylioppilastutkinto. Ammattiopiston tarjoama opetus hyödyntää myös lukion opiskelijoita. Etenkin lukion eläinlääketieteellisen linjan opetuksessa hyödynnetään ammattiopiston kurssitarjontaa ja osaamista.

Lukioiden välisessä yhteistyössä korostuu Toholammin merkitys. Yhteistyössä on toteutettu mm. yksittäisiä kursseja, opettajien täydennyskoulutusta, oppilaskuntien järjestämiä tapahtumia, yhteisiä opiskelijoiden tutustumis- ja messumatkoja. Myös OPS2016 on toteutettu lukioiden välisellä yhteistyöllä. Poliittisten päättäjien ja virkamiesten välisissä yhteistyöneuvotteluissa on tavoitteeksi asetettu tämän yhteistyön tiivistäminen siten että lukioiden vuosisuunnitelmissa ja virkajärjestelyissä huomioidaan yhteistyön tuomat edut.

Kannuksen lukion kuuluu Pohjois-Pohjanmaan etälukioverkostoon (eLukio), jonka kautta lähes kaikki lukiokurssit ovat myös verkko-opetuksena saatavilla. Tämä lisää Kannuksen lukion kurssitarjontaa merkittävästi esimerkiksi harvinaisissa kielissä (espanja, japani, kiina).