Jos oppilas ei sairauden vuoksi voi osallistua kouluopetukseen, hänen opetuksensa voidaan järjestää antamalla hänelle ohjausta, oppimateriaalia ja oppimista tukevaa arviointipalautetta kotiin (tai muuhun paikkaan). Yhteistyö huoltajan kanssa on tällaisessa tilanteessa erityisen tärkeää.

Oppilaalle tulee laatia oppimissuunnitelma, jonka avulla opintojen etenemistä voidaan suunnitella ja toteuttaa. Jos oppilas on otettu tai siirretty erityisopetukseen, asiat kirjataan hänelle laadittuun henkilökohtaiseen opetuksen järjestämistä koskevaan suunnitelmaan (HOJKS). Sairaana oleva oppilas ei välttämättä pysty etenemään opinnoissaan samaan tahtiin kuin koulussa opiskelevat. Kun oppilas palaa kouluun sairauden jälkeen, voidaan hänelle tarvittaessa antaa tukiopetusta.

Sairaus saattaa kokonaan estää oppilaan opiskelun kotona tai esimerkiksi sairaalakoulussa, jolloin oppilaalle ei kerry opintosuorituksia. Myös erilaisten näyttöjen antaminen voi tuolloin olla mahdotonta tai vaikeaa. On esimerkiksi tapauksia, joissa oppilas on ollut sairaana suuren osan syyslukukaudesta. Tällöin voidaan pitää kohtuuttomana arvioida oppilasta lukukauden päätteeksi samalla tavoin kuin muita oppilaita

Joskus sairaus voi tilapäisesti estää tai vaikeuttaa oppilaan osallistumista opetussuunnitelman mukaiseen opetukseen ainoastaan yksittäisessä oppiaineessa, esimerkiksi liikunnassa tai kotitaloudessa. Tuolloin oppilaan opiskelu kyseisessä aineessa voidaan järjestää toisin perusopetuslain 18 §:n kolmannen momentin nojalla. Tarvittaessa oppilas voidaan vapauttaa jonkin oppiaineen opiskelusta tietyksi ajaksi. Tällöin myös oppiaineen arvioinnissa voidaan menetellä toisin ja jättää esimerkiksi todistusarvosana antamatta. Asiasta tehdään hallintopäätös.

Oppilaalle tulee antaa todistus lukuvuoden päätteeksi. Tarvittavaa joustoa oppilaan arviointiin tuo perusopetuslain 18 §, jonka kolmannen momentin mukaan oppilaan opiskelu (ja arviointi) voidaan järjestää osittain toisin, mikäli se on perusteltua oppilaan terveydentilaan liittyvistä syistä. Jos oppilas ei sairauden vuoksi ole voinut osallistua kouluopetukseen eikä muutoinkaan opiskella tai antaa näyttöjä, voidaan todistus jättää edellä mainitun lain perusteella antamatta. Asiasta tehdään hallintopäätös.

Jos oppilas ei sairauden vuoksi kykene suoriutumaan kaikista vuosiluokan oppimäärään kuuluvista opinnoista, ja hän on vaarassa jäädä luokalle, voidaan tehdä hallintopäätös opinnoissa etenemisestä oman opinto-ohjelman mukaisesti (perusopetusasetus 852/1998, 11§). Tuolloin oppilas ei jää luokalle mahdollisten hylättyjen tai puuttuvien suoritusten vuoksi. Lukuvuoden päättyessä oppilas saa todistuksen hyväksytysti suorittamistaan opinnoista ja siirtyy seuraavalle luokalle jatkamaan opintojaan siitä, mihin ne edellisenä lukuvuonna jäivät. Oppilaan opiskeluun liittyvät järjestelyt kirjataan oppimissuunnitelmaan (tai HOJKSiin). Asiasta tehdään hallintopäätös. Erityisesti perusopetuksen päättövaiheessa vuosiluokkiin sitomattomat järjestelyt voivat olla tarpeen.

Luvaton poissaolo sinällään ei aiheuta luokalle jättämistä, mutta jos oppilas ei juurikaan osallistu opetukseen, kokeisiin eikä muihinkaan hänelle tarjottuihin näyttömahdollisuuksiin, ei hänelle kerry hyväksyttyjä opintosuorituksia suhteessa opetussuunnitelmassa määriteltyihin oppiaineen tavoitteisiin. Tällöin hän voi saada oppiaineesta hylätyn arvosanan lukuvuositodistukseen.

Oppilaan kokonaistilanne on hyvä ottaa huomioon varsinkin silloin, kun kyseessä on perusopetuksen päättövaihe. Erityisesti 9. luokan oppilaiden kohdalla on syytä pohtia yhtenä mahdollisuutena oman opinto-ohjelman mukaista etenemistä, jos oppilas on jo suorittanut hyväksytysti huomattavan osan 9. luokan opinnoista.

Luvattomiin poissaoloihin tulee aina puuttua myös oppilashuollollisin keinoin ja pyrkiä yhteistyössä huoltajan kanssa turvaamaan oppilaan koulunkäynti.