Eliöiden luokittelu perustuu sukulaisuussuhteisiin. Eliöiden sukulaisuus määritellään periytyvien ominaisuuksien, kuten geeniperimän samankaltaisuuden, perusteella. Eliöiden sukupuussa ei ole tällä hetkellä viruksia, sillä niiden sukulaisuussuhteita tunnettuihin eliöihin tai toisiinsa ei vielä tiedetä riittävän hyvin. On myös kiistanalaista, ovatko virukset eliöitä.

Eliöiden karkea sijainti sukupuussa tiedetään nykyään melko hyvin. Eliökunnan sukupuussa on kaksi domeenia: arkeonit ja bakteerit. On mahdollista, että sukupuussa on kolmaskin domeeni. Monissa geneettisissä tutkimuksissa osa tumattomista muodostaa oman CPR (Candidate Phyla Radiation) -domeeninsa, joka erottuu selkeästi sekä arkeoneista että bakteereista. Sukupuun ylinkin rakenne saattaa siis jatkossa muuttua.

Tumalliset eliöt kuuluvat nykyisen tiedon perusteella arkeoneihin ja siellä asgardarkeonien yhteen alataksoniin. Muut arkeonien taksonit ovat tumattomia. Kaikki bakteerit ovat tumattomia mikrobeja.

Tumalliset ovat siis yksi arkeonien alataksoni, joka on syntynyt asgardarkeonin ja proteobakteerin endosymbioosin seurauksena. Tumallisiin lasketaan nykyisin kuuluvaksi: 1) onteloiset (ekskavaatit), 2) värirakkulaiset (kromalveolaatit), 3) kasvit ja 4) yksisiimaiset. Eläimet ja sienet kuuluvat yksisiimaisten sisällä olevaan peräsiimaisten taksoniin.

Tumallisten systematiikka eli tumallisten taksoneiden sijoittaminen tietyille taksonitasoille on vielä kesken.
- Systematiikan kehittyessä onteloiset saatetaan jakaa useaan eritasoiseen taksoniin värirakkulaisten tapaan.
-Kasvien (Archaeplastida) rinnalle samalle taksonitasolle voi tulla toinen taksoni (Cryptista), jolla on kasvien kanssa yhteinen kantamuoto. Tällöin Archaeplastida-Cryptista-taksoni nimetään uudelleen ja kasvit putoavat alemmalle taksonitasolle.
- Yksisiimaisten luokittelu voi muuttua, koska peräsiimaisten ja amebojen rinnalle voi tulla uusi taksoni, joka on läheisempää sukua peräsiimaisille kuin ameboille.
- Onteloisten, värirakkulaisten, kasvien ja yksisiimaisten välinen systematiikka on vielä osin epäselvä. Esimerkiksi kasvit ja värirakkulaiset saattavat olla toisilleen läheisempää sukua kuin onteloisille ja yksisiimaisille.

Ainesto perustuu Opetushallituksen vuonna 2023 julkaisemaan materiaaliin eliökunnan rakenteen opettamisesta lukioissa.