Eliöt voidaan luokitella lajeiksi, lajit suvuiksi, suvut heimoiksi ja niin edelleen päättyen lopuksi pääjaksojen (eläimet) ja kaarien (kasvit ja sienet) kautta ylimpiin luokittelutasoihin, domeeneihin. Tämä eliöiden sukupuu kuvaa myös eliöiden sukulaisuus- ja polveutumissuhteita, vaikka onkin ihmisen laatima. Perimän perusteella voidaan rakentaa eliöiden fylogeneettisiä sukupuita, joissa kehityslinjoja kuvataan graafisesti haarautuvan puun oksien avulla.

Koska kaikki eliöt ovat sukua toisilleen, lajien välisten ja saman lajin yksilöiden perimän vertailu voi paljastaa monenlaista tietoa. Käytännössä perimästä vertaillaan kromosomien lukumäärää ja DNA:n emäsjärjestystä lähisukulaislajien kesken. Lajien välisten erojen määrästä ja erojen kertymisen nopeudesta voidaan arvioida, milloin kaksi lajia ovat eriytyneet omiksi kehityslinjoikseen. Lajien välinen geneettinen sukulaisuussuhde voidaan varmistaa vertailemalla eliöiden DNA:n rakennetta ja proteiinien aminohappojärjestystä.

Myös lajin eri sukupolvien välisiä perimäeroja voidaan vertailla. Täpläverkkoperhosen aineenvaihduntaan liittyvät geenit vaikuttavat siihen, lentävätkö perhoset pidempiä vai lyhyempiä matkoja. Kuivempina vuosina, kun isäntäkasveja oli vähemmän, havaittiin, että pidempiin lentomatkoihin liittyvät geenimuodot yleistyvät, kun taas normaalisateisina vuosina valinta suosi perhosia, joilla on geenimuotoja, jotka liittyvät vähäisempään lentämiseen. 

Lisäksi vertailemalla eroja perimässä eri alueilla pystytään tekemään päätelmiä lajien maantieteellisestä historiasta. Esimerkiksi ihmisellä on kaikkein suurin geneettinen monimuotoisuus Afrikan alueelta ja lähes kaikki monimuotoisuus muualla maailmassa on osa tätä afrikkalaista monimuotoisuutta. Tämän takia on päätelty, että ihminen lajina syntyi aikanaan Afrikassa ja että sieltä lähtenyt pieni osajoukko levisi muun maailman alueelle.


Geneettisten menetelmien avulla voidaan selvittää ihmisen leviämishistoriaa. Kuvassa on esitetty eurooppalaisten kansojen Y-kromosomityypit (haplotyypit) alueittain. Lisäksi on kuvattu eri haplotyyppien evoluutiohistoria.

Muinais-DNA:ta eli satoja tai tuhansia vuotta vanhaa DNA:ta (esimerkiksi hampaan tai luun ytimestä) voidaan käyttää esimerkiksi ihmisen evoluution tutkimisessa.


Muinais-DNA on muinaisista näytteistä eristettyä DNA:ta. Muinais-DNA:ta on pystytty eristämään jopa satojatuhansia vuosia vanhoista näytteistä.