Maantieteellisen isolaation seurauksena tapahtuvaa lajiutumista kutsutaan allopatriseksi lajiutumiseksi. Useimmiten allopatrinen lajiutuminen on tapahtunut ympäristömuutosten tai mannerliikuntojen takia. Esimerkiksi merenkorkeuden vaihtelut ovat eristäneet saimaannorpan ja laatokannorpan omille alueilleen. Jääkauden aikaiset ympäristönmuutokset selittävät merkittävästi Euroopan lajiston lajiutumista.

Toisistaan eristyksissä olevat populaatiot kehittyvät geneettisesti eri suuntiin, ja niiden välille syntyy myös muita isolaatiomekanismeja. Lopulta populaatioiden välillä on niin paljon perinnöllisiä eroja, etteivät näiden eri populaatioiden yksilöt enää pysty lisääntymään keskenään, vaikka populaatiot kohtaisivat myöhemmin uudestaan.