Paint.NETin käyttöliittymässä on ylävalikon ja sen alla olevan työkalurivin lisäksi useita erillisiä ikkunoita, joita voi sulkea ja avata tarpeen mukaan. Ohjelman avautuessa niiden pitäisi olla näkyvillä:

• Tools eli työkaluvalikko - tärkeimmät työkalut kuvan muokkaukseen
• Colors eli väripaletti
• History eli historia eli mitä toimintoja kuvalle on tehty
• Layers eli tasot, joita käytetään edistyneemmässä kuvan muokkauksessa