Joustava perusopetus järjestetään pienryhmämuotoisena opetuksena. Oppilaan oppimissuunnitelmassa määritellään, että hän etenee vuosiluokkiin sitomattomasti. Erityistä huomiota kiinnitetään toiminnallisiin työmuotoihin, joilla lisätään oppilaan osallisuutta ja yhteenkuuluvuutta kouluyhteisössä sekä vahvistetaan huoltajan ja kaikkien joustavassa perusopetuksessa työskentelevien yhteistä kasvatustyötä. Opetuksessa hyödynnetään aktiivisesti erilaisia oppimisympäristöjä kuten työpaikkoja, leirikouluja, kulttuurilaitoksia ja kansalaisjärjestöjä. Oppilas suorittaa valinnaisaineet yleisopetuksen ryhmässä. Työpaikalla tapahtuva opiskelu, suunnitellaan ja toteutetaan vastaamaan oppilaan yksilöllisiä tarpeita.

Joustavan perusopetuksen oppilasvalinnassa arvioidaan oppilaan motivaatiota ja kykyä suorittaa peruskoulun oppimäärä, opiskeluvalmiuksia ryhmässä työskentelyyn sekä halukkuutta osallistua työpaikkaopiskelujaksoille. Tarkemmat valintakriteerit päättää sivistyslautakunta. Hakemusten käsittelyn jälkeen suoritetaan oppilashaastattelut. Oppilaan lisäksi haastatteluun kutsutaan hänen huoltajansa tai muu laillinen edustajansa sekä oppilaan sen hetkisen koulun kuraattori.