Itämeri poikkeaa täysin muista maailman meristä.

Se on sisämeri, eli sillä on vain hyvin kapea yhteys valtameriin. Samankaltaisia sisämeriä ovat Euroopassa Mustameri ja Välimeri.

Itämeri on poikkeuksellisen matala, joten sen vesimäärä on hyvin pieni. Itämeren pohjassa ei myöskään ole valtamerille tyypillisiä suolakerrostumia, joten se on vähäsuolainen.

Itämeressä on paljon saaria, etenkin Tukholman, Ahvenanmaan ja Turun saaristoissa. 

Itämeren pohjoiset osat, Pohjanlahti ja Suomenlahti jäätyvät ainakin osittain talvisin. Eliöstökin poikkeaa kaikista maailman meristä huomattavasti.

Valtamerien suolapitoisuus on noin 3,5 %, kun se Itämeressä on alle 1 %. 

Syitä suolattomuuteen:
 Itämereen laskee monia jokia, jotka keräävät vettä laajoilta valuma-alueilta,

 Itämeren pohjassa ei ole suolakerrostumia
 valtameren pohjalla olevaa suolapitoisinta vettä ei tule juuri lainkaan Itämereen

Itämeren vettä kutsutaan murtovedeksi, koska se on makean ja suolaisen veden sekoitusta. 

Vähäisen suolapitoisuuden vuoksi Itämeren pohjoiset osat jäätyvät helpommin kuin normaali merivesi.

Itämeri on hyvin nuori meri, joten sinne ei ole ehtinyt kehittyä omaa murtovesieliöstöä. Siellä esiintyvät lajit ovat siis joko mereisiä tai makenveden lajeja.