Kaisaniemen koululla toimii yläkoulun vuosiluokkien erityisluokat

• oppilaille, joilla on oppimisen haasteita ja 
• oppilaille, joilla on käyttäytymisen haasteita.

Näille luokille oppilaat ohjautuvat pääasiassa jo 7. luokalla. Oppilaiden erityisluokan tarpeesta keskustellaan 6. luokan keväällä huoltajien, ohjaavan erityisopettajan, yläkoulujen rehtorien ja yläkoulun erityisopettajien kanssa. 

Taanilan koululla toimii lisäksi yläkoulujen yhteinen Askel-luokka. Askel-luokka on tarkoitettu tukimuodoksi oppilaalle, jossa on paljon poissaoloja ja opiskelu ei syystä tai toisesta onnistu isossa ryhmässä. Askel-luokalle otetaan oppilaita joustavasti, tilanteesta riippuen. Oppilaan siirtymistä Askel-luokalle pohtivat Askel-luokan opettaja ja molempien yläkoulujen apulaisrehtorit. 

Kaisaniemen koululla toimivat myös yläkoulujen joustavan perusopetuksen luokat eli JOPOt. JOPO-luokille on haku helmi-maaliskuussa ja sen jälkeen hakijat haastatellaan. Valitsijoina toimivat JOPO-opettajat, perhetyöntekijä ja molempien koulujen rehtorit. JOPO-luokista kerrotaan enemmän omilla nettisivuillaan.