Pyhäjoen lukion opetussuunnitelma sisältää seuraavat osat:
•toiminta-ajatus ja arvopainotukset
•koulutuksen järjestäjän hyväksymä lukion tuntijako
•kieliohjelma
•toimintakulttuurin pääpiirteet
•opiskeluympäristöt ja ‑menetelmät
•itsenäisen opiskelun periaatteet
•aihekokonaisuudet
•oppiaineen tehtävä, oppiaineen opetuksen yleiset tavoitteet ja arviointi
•tavoitteet ja keskeiset sisällöt kursseittain
•kodin ja oppilaitoksen yhteistyö
•yhteistyö ammatillisten oppilaitosten ja muiden lukioiden kanssa
•yhteistyö yliopistojen, ammattikorkeakoulujen, muiden oppilaitosten ja tahojen kanssa
•tieto- ja viestintäteknologian opetuskäytön suunnitelma
•ohjaussuunnitelma
•oppimisen ja opiskelun tukea tarvitsevien opiskelijoiden opetus
•kieli- ja kulttuuriryhmien opetus
•opiskeluhuolto
•opiskelijan oppimisen arviointi
•toiminnan jatkuva kehittäminen ja arviointi.

Lukion opetussuunnitelmassa kuvataan kaikkien siihen sisältyvien kurssien tavoitteet ja keskeiset sisällöt.

Pyhäjoen lukiossa järjestään työsuunnitelmassa määritetyillä kursseilla myös englanninkielistä opetusta ja etäopetusta. Lukio tarjoaa mahdollisuuden suorittaa lukiodiplomeita.