Oppilaskunnan hallitus valitaan yhdeksi lukuvuodeksi kerrallaan aina syksyisin heti, kun koulut alkavat. Jokainen alaluokka valitsee yhden edustajan keskuudestaan oppilaskunnan hallitukseen. Yläluokkien oppilaat voivat hakea toimintaan mukaan erillisellä lomakkeella. Alaluokilla ja yläluokilla toimivat omat oppilaskunnan hallitukset, jotka tekevät myös keskenään yhteistyötä.

Oppilaskunnan hallitusten päätarkoituksena on toimia oppilaskunnan etuja ajavana yksikkönä Meri-Porin yhtenäiskoulussa. Heidän tehtävänään on toimia linkkinä oppilaiden ja opettajien sekä muun koulun henkilökunnan välillä.

Oppilaskunnan hallitukset pitävät kokouksia lukuvuoden aikana keskimäärin kerran kuussa.

Oppilaat, jotka valitaan oppilaskunnan hallitukseen, saavat vastuuta, oppivat kokouskäytäntöjä ja saavat päätöksentekovaltaa oppilaskuntaa koskevissa asioissa. Lisäksi opitaan neuvottelutaitoja, organisointia, järjestelmällisyyttä sekä muita hyviä ja käytännöllisiä taitoja, joita tarvitaan jokapäiväisessä arjessa.

Oppilaskunnan hallituksen ohjaavat opettajat ovat Annina Poukka (alaluokat) ja Markku Kuparinen (yläluokat).