Vapaakauppaa vastustetaan esimerkiksi siitä syystä, että protektionismia saatetaan pitää tärkeänä kehitys- ja teollistamispolitiikan kannalta. Lähes kaikki rikkaat maat ovat käyttäneet enemmän tai vähemmän oman taloutensa suojaamista kehittyessään (Sveitsi ja Hongkong ovat tässä suhteessa poikkeuksia, myös muita maita kehityksessä edellä ollut Iso-Britannia oli 1800-luvun jälkipuoliskolla pitkälti vapaakaupassa). Esimerkiksi vapaakauppaa retoriikassaan kannattava USA:n presidentti George W. Bush on asettanut edelleen uusia kaupan esteitä suojellakseen tiettyjä USA:n talouden aloja. Kaupan esteiden tarkoitus teollisuuspolitiikassa on suojella kansallista teollisuutta.

Yksi perinteinen argumentti on ollut, että oman teollisuuden kehittyminen on monilla aloilla vaikeaa tai mahdotonta ilman jonkinlaista suojelua. He ovat argumentoineet, että kehitysmaa jää vapaakaupan oloissa vähemmän jalostettujen tuotteiden tuottajaksi, koska sen on mahdoton kilpailla monimutkaisempia tuotantoprosesseja vaativilla aloilla kehittyneitä maita vastaan ilman tuotantonsa suojelua (1800-luvulla USA:n Alexander Hamilton ja Saksan Friedrich List kehittelivät tätä ajattelutapaa). Tämä keskustelu liittyy laajemmin siihen, kuinka pitkälle maan talouskehitys ja teollistuminen voi tapahtua pelkän hintamekanismin ohjaamana, ja missä määrin taas tarvitaan valtion interventiota. Kaupan suojelussa on kuitenkin usein harkitun talouspolitiikan sijasta kyse kansallista tuotantoa edustavien eturyhmien itselleen hankkimista eduista.

Vanhojen protektionististen oppien lisäksi on taloustieteessä 1980-luvulta alkaen noussut strategic trade theory -niminen suuntaus, jossa huomioidaan epätäydellinen kilpailu, skaalaedut, tekemällä oppiminen, tuotekehittelyn merkitys, kumulatiiviset prosessit sekä teknologian vuodot. Teoria oikeuttaa jotain protektionismin muotoja kuten tukiaisia kansallisille yrityksille. Erityiskohtelua saava yritys voi teorian mukaan hyötyä skaalaetujen myötä kasvavista voitoista ja kumulatiivisista prosesseista maailmanmarkkinoilla selviytyäkseen. Teoriassa keskeistä on maailmanmarkkinoiden näkeminen monilla aloilla oligopolistisena. Tällöin perinteisen teorian oletus täydellisestä kilpailusta ei päde.

Vapaakauppaa vastustetaan myös sen aiheuttamien suurten tuotantorakenteen muutosten takia. Usein varsinkin maanviljely eri maissa tulee vapaakaupan myötä kannattamattomaksi. Omavarainen tuotanto nähdään varsinkin maatalouden osalta tärkeänä turvallisuuspoliittisena tekijänä, sillä mahdollisessa kriisitilanteessa voidaan tällöin turvata elintarvikkeiden saanti. Suomi on esimerkkinä maasta, jossa maanviljely jäisi vapaakaupan olosuhteissa hyvin vähiin.

Vapaakaupan myötä tapahtuvat ulkomaankaupan kasvun vaikutus ympäristöön on oma keskustelunsa. Monet ovat sitä mieltä, että globaalin kaupan kasvu lisää kuljetuksia ja näin ollen myös ympäristön kuormitusta.

Vapaakaupan vastustus voi liittyä myös yleisempään modernisaation tai kehityksen vastustamiseen. Kehitysmaissa elää edelleen kulttuureja, joiden ihmiset haluavat elää virallisen talouden ulkopuolella, eikä heidän päätään voida kääntää puhumalla inhimillisen kehityksen indekseistä tai muista länsimaisten ihmisten kehittämistä elintason mittareista. Yksi vapaakaupan tunnettuja vastustajia on taloustieteilijä Michel Chossudovsky. Myös Noam Chomsky on kritisoinut vapaakauppaa siitä, että kehittyneisiin maihin sovelletaan sääntöjä joustavasti niiden etujen mukaan, kun taas kehitysmaille saarnataan tiukkaa markkinakuria.

Vapaakauppaa laajalti tutkinut kuuluisa intialaissyntyinen professori Jagdish Bhagwati käy artikkelissaan^[15] professori T. N. Srinivasanin kanssa läpi useita vapaakaupanvastaisia argumentteja ja osoittaa ne vääriksi tai vaikutuksiltaan suhteellisen vähäisiksi. Vastaavaa tekee myös Martin Wolfin kirja Why Globalization Works.