Sairaalakoulun tehtävänä on turvata lapsen ja nuoren koulunkäynti sairaalahoidon aikana ja pitää oppilas oman koulunsa opetustavoitteissa. Sairaalassaoloaikana ollaan yhteydessä oppilaan omaan kouluun ja hänen opettajiinsa sekä tehdään yhteistyötä oppilaan huoltajan sekä osaston henkilökunnan kanssa. Oppilaat ovat tulleet ensisijaisesti sairaalaan hoitoon. Opetus niveltyy oppilaan päivittäiseen tutkimus- ja hoito-ohjelmaan.

Opetuksen pääperiaatteena on yksilöllinen opetus, jossa pyritään ottamaan huomioon sen koulun opetussuunnitelman painotukset, johon oppilas palaa. Oppilaiden koulussa olo vaihtelee muutamasta tunnista jopa vuoteen.