Mikroskooppisen pieniä mikrosieniä ovat esimerkiksi homeet ja hiivat. Luonnossa homeet hajottavat eloperäistä ainetta. Ne aiheuttavat myös elintarvikkeiden pilaantumista muodostamalla homekasvustoja, rakenteiden vaurioitumista ja allergisia oireita. Toisaalta tiettyjä homelajeja käytetään hyödyksi esimerkiksi juustojen ja antibioottien valmistuksessa.

Homeet lisääntyvät itiöistä, joita on lähes kaikkialla. Tunnetuin mikrosieni on leivinhiiva, jota käytetään leivän, oluen ja viinin valmistuksessa. Hiivasienet voivat aiheuttaa hiivasienitulehduksia, kuten pienillä lapsilla esiintyvää suutulehdusta (sammas).

Mikroskooppikuvan leivinhiiva on yksisoluinen hyötysieni. Hiivat lisääntyvät suvuttomasti silmikoitumalla. Uusi tytärsolu kuroutuu irti emosolusta.