Päävalikko löytyy oikeasta yläkulmasta, kolme viivaa.

Asetukset
Löytyvät päävalikosta. Sieltä voi vaihtaa kielen ja halutun pyöristämistarkkuuden. Lisäksi jos on käyttänyt jotain ikkunaa, niin sen muutettavat asiat löytyvät samasta paikasta.

Näkymät
Näkymät ovat vain erilaisia yhdistelmiä niistä ikkunoista, mitä tarvitaan. Kun avaat GeoGebran, ilmestyy pieni laatikko, joka kysyy mitä haluat tehdä. Siellä on vaihtoehtoja "Kuvaajan piirtäminen", "Geometria" yms.

Näkymän vaihto
Päävalikko auki ja sieltä löytyy "Näkymät". Sieltä voit vaihtaa eri näkymiä nopeasti. Voit myös valita "Näytä"-kohdasta ikkunakohtaisesti, että mitä haluat nähdä.

Kuvaajan piirtäminen -näkymä: Koordinaatisto
Tätä voi zoomata kosketuslevyn tai hiiren rullan avulla. Lisäominaisuuksia löytyy oikean yläkulman napista, jossa on kolme viivaa, ympyrä ja kolmio. Täältä voi valita, että näkyykö akseleita tai taustaruudukkoa. Lisäksi täältäkin pääsee asetuksiin, missä voi antaa akseleille nimet, muuttaa skaalaa tai vaikka vaihtaa ruudukon selkeämmäksi värien tai viivojen määrän avulla.

CAS -näkymä
Täällä voi pyytää GeoGebraa laskemaan laskut puolestasi. Ylhäältä löytyy ensin napit tarkalle ja pyöristetylle vastaukselle. Teille erityisen tärkeät napit ovat silti "x =" ja "x ≈", joilla pyydetään ratkaisemaan yhtälöt.