Filippiinien historia alkaa noin vuonna 25000 eKr. , jolloin negrito-heimo alkoi asuttaa Filippiinien saaristoa.
Eurooppalaisten ensi kosketus alueeseen tapahtui vuonna 1521, jolloin espanjalainen tutkimusmatkailija Fernão de Magalhães löysi Filippiinit.
Magalhães kuoli sodassa alkuperäisiä asukkaita vastaan.
Espanjalaiset saivat Filippiinit haltuunsa lopullisesti vasta 1965.

Espanjalaisten tarkoitus oli käännyttää filippiiniläiset kristinuskoon, ja se onnistuikin hyvin, sillä Filippiinit on nykyisin vahvin kristitty linnake Aasiassa.

Filippiinien luonnonrikkauksien määrä oli pieni, joten Espanja ei taloudellusesti hyötynyt maasta.
Kiinalaiset sen sijaan onnistuivat rikastumaan pelkällä kaupankäynnillä Filippiineille.
Lopulta kateus kiinalaisten onneekkuuta kohtaan vihastutti espanjalaiset, jotka kartkottivat kiinalaiset Filippiineltä.
Espanjalaiset eivät saaneet Filippiinejä kokonaan hallintaansa, vaan maan olot olivat hyvin epävakaat ja siellä esiintyi jatkuvasti levottomuuksia ja kapinoita.
Vuonna 1888 Filippiineille syntyi itsenäisyysliike, jonka yhteydessä 1896 Emilion Aquinaldo astui valtaan.
Hänen valtakautensa päättyi kuitenkin lyhyeen, ja espanjalaiset palasivat valtaan 1897.
Emilion Aquinaldo ei kuitenkaan luovutanut, vaan palasi valttaan amerikkalaisten tukemana 12.6.1898 julkistaen Filippiinit itsenäiseksi valtioksi. Suurimmaksi ongelmaksi ja Aquinaldon pettymyksekseen amerikkalaiset eivät tunnustaneetkaan Filippiinejä. Lopulta 1901 hänet pidätettiin, ja 1902 amerikkalaiset julistivat Filippiinit omakseen.

Filippiinien lopullinen itsenäistyminen alkoi 1935, kun presidentti Roosevelt lupasi sille itsenäisyyden kymmenen vuoden siirtymäajan jälkeen. Filippiinit joutui japanilaisten valtaan vuosiksi 1941-1942, ja sotaonnen kääntyessä japanilaiset antoivat filippiiniläisille itsenäisyyden 14.10.1943 pyrkien saamaan heidät liittolaisikseen. Amerikkalaiset palasivat valtaan Filippiineillä 1945, ja maan lopullinen itsenäistyminen tapahtui 4.7.1946. Nykyisin virallisena itsenäisyyspäivänä pidetään 12.:ta kesäkuuta, joka on myös maan virallinen kansallispäivä.

Filippiinien itsenäinen taival on ollut poikeuksellisen takkuinen. Suuret vaihtelut seurasivat talouspolitiikkassa 1950-luvulla. Ferdinand Marcos julistautui diktaattoriksi 1966. Lopullinen sekasorto pääsi valloilleen 1970-luvun lopulla, jolloin puhkesi sisällissota, joka lähes tuhosi hyvin alkaneen taloudellisen kehityksen. Tilanne tasaantui vasta 1990- luvun alussa.