Itse itiöemän muoto rajaa lajiryhmiä. Osalla sienistä on selvä lakki ja jalka, ja toisilla näyttää olevan pelkkä lakki. Joillakin sienillä ei ole oikein kumpaakaan, vaan muoto voi olla esimerkiksi munamainen, nuijamainen tai pensasmaisesti haaroittunut. Lakin pintakelmun väri on hyvä tuntomerkki, mutta se voi vaihdella yksilöiden, kasvupaikkojen ja säätilan mukaan. Esimerkiksi koivunkantosieni on kuivana vaalean nahanvärinen, mutta sade tummentaa sen väriä. Kangashapero on yleensä tiilenoranssi, mutta sadevesi saattaa huuhtoa värin olemattomiin. Lakin muotokin voi olla tärkeä tuntomerkki. Joillakin lajeilla lakki on puolipallomainen, toisilla laakea, kartiomainen tai suppilomainen.

Se, mitä lakin alapinnalta löytyy, jakaa sienet selvästi heltta- ja pillisieniin sekä orakkaisiin. Pillisieniin kuuluvat tatit ja osa käävistä. Orakkailla on lakin alapinnalla piikkimäisiä ulokkeita pillien tai helttojen sijaan. Helttasieniä ovat esimerkiksi kaikki rouskut, haperot, kärpässienet ja seitikit. Erityisesti helttasienten tunnistamisessa itiöpölyn väri on usein hyödyllinen tuntomerkki. Itiöpölyä on usein näkyvissä jalan yläosassa tai renkaassa tai vaikka lakin alapuolella olevien kasvien päällä.

Myös jalasta voi löytyä tärkeitä tuntomerkkejä. Joillakin lajeilla jalassa on selvä rengas. Kärpässienillä löytyy renkaan lisäksi jalan tyvellä oleva tuppi. Jalan pinnassa voi olla tupsuja, seittiä tai verkkokuvioita. Myös jalan muoto vaihtelee. Toisilla lajeilla jalka on paksu ja nuijamainen, toisilla ohut. Niin jalan kuin muidenkin osien vioittumiin tai kosketuskohtiin syntyy usein värjäytymiä. Esimerkiksi kangastatin leikkauspinnat sinistyvät voimakkaasti.

Sienissä on hyvin monenlaisia hajuja, jotka auttavat tunnistamisessa. Sienten tuoksuvalikoimasta voi löytyä esimerkiksi sellaisia erikoisuuksia kuin lakritsi, kookos, anis, hedelmäkarkki, perunakellari tai nestekaasu.