Bachin nuottikäsikirjoitukset alkoivat hänen viimeisinä vuosinaan käydä yhä epäselvemmiksi. Vuonna 1750 hän on pystynyt kirjoittamaan paperille enää vain nimensä. Tämä johtui siitä, että Bach oli tuolloin lähes sokea. Jälkeenpäin on arveltu, että Bachin silmiä vaivasi kaihi, joka kovin usein heikentää iän myötä näköä. Bachin silmiin liittyy tarina 1700-luvun lääketieteestä.

Johann Sebastian Bachin vaimo ja samalla hyvin tärkeä työtoveri Anna Magdalena oli huomannut, että kaupunkiin tuli kiertävä silmälääkäri. Silmälääkäri Taylor kulki upeissa silmän kuvin kuvitetuissa vaunuissa. Anna Magdalena pyysi, että Bach antaisi Taylorin leikata silmänsä ja näin ne saataisiin jälleen kuntoon. Bach suostui ja Taylor teki työnsä.

Tuon ajan lääkärit olivat usein kiertäviä ”puoskareita”. Niin Taylorkin. Hänen maineensa on jälkeenpäin havaittu varsin huonoksi: esimerkiksi Sveitsissä hän sokeutti täysin monia ihmisiä. Hän poistui aina liukkaasti paikalta operaatioiden jälkeen. Taylor ei koskaan myöskään palannut uudelleen paikkakunnalle, jossa oli työskennellyt. Myös Bachin silmät sokeutuivat täysin operaation jälkeen ja hän ilmeisesti myös kuoli leikkauksen jälkeisiin komplikaatioihin ja parantumisen nopeuttamiseksi annettuihin lääkityksiin ja hoitoihin.

Sanotaan, että kun Bach kuoli, kuoli myös barokki. Siksi ainoa musiikinhistorian aikakausi, jolla on selkeä loppuhetki, on juuri barokki.