Hepolan koulu aloitti toimintansa 1.8.1990 hajasijoitettuna useaan eri paikkaan.
Uuteen koulurakennukseen päästiin aikataulun mukaan heti tammikuun alusta 1991. Tuolloin koulussa toimi viisi yleisopetuksen opetusryhmää sekä yksi harjaantumisopetuksen opetusryhmä.
Uuden koulurakennuksen on suunnitellut helsinkiläinen Suunnittelukeskus Oy arkkitehti Lauri Soraisen johdolla. Koulun liikuntatilan seinämaalaukset on tehnyt kuvataiteilija
Sven-Olof Westerlund.
Museoviraston mukaan Hepolan koulun pihalla sijainnut vanha Hepolan asuinrakennus muodosti uuden koulurakennuksen kanssa ' kerroksellisen rakennustaiteellisen kokonaisuuden '. Uuden koulurakennuksen erikoiset ikkunatkin mukailevat vanhan Hepolan silhuettia. Vanha Hepola purettiin kesän 2007 aikana.
Nimensä Hepolan koulu on saanut alueen mukaan. Vanhassa Hepolan asuinrakennuksessa asui aikanaan eläinlääkäri ja tontille rakennettiin hevosten sairastallit. Tontin nimi lienee peräisin näiltä ajoilta.
