Oppilaat pystyvät vaikuttamaan koulun asioihin mm. oppilaskunnan kautta. Varppeen koulussa toimii oppilaskunta ja sen valitsema hallitus. Hallitus edustaa oppilaskuntaa koulussa ja toimii oppilaiden edun ja viihtyvyyden puolesta.

Oppilaskunnan hallitus koostuu edustajista, jotka valitaan luokittain äänestämällä. Koko koulu on näin pienoiskoossa edustettuna oppilaskuntatoiminnassa. Oppilaskunta pitää kokouksia noin kerran kuukaudessa, joissa edustajat pääsevät keskustelemaan ja päättämään kaikkia oppilaita koskevista asioista. Oppilaskunta valitsee esimerkiksi taksvärkkikohteen ja saa vaikuttaa oppilaskunnan varojen käyttöön. Oppilaskunta on mukana koulun erikoistapahtumissa. Edustajat välittävät myös tietoa omiin luokkiinsa ja saavat tuoda esille uusia ideoita koulun toimintaan liittyen. Uusi hallitus valitaan joka syksy. 

Oppilaskunnan ohjaavina opettajina lukuvuonna 2022-2023 toimivat Samu Paananen ja Elisa Riski.

Rehtori ja/tai nuorisotyöntekijä tai muuta opettajaedustusta voidaan kutsua oppilaskunnan hallituksen kokouksiin tarvittaessa. Oppilaskunnan hallituksen toiminnan näkyvyyttä koulussa lisätään rakentamalla aulaan ns. oppilaskuntaseinä toiminnan esittelemiseksi sekä palautelaatikko ideoiden keruuta varten. 

Oppilasedustus nimetään koulun yhteisiin toimielimiin, kuten ruokatoimikuntaan sekä yhteisölliseen hyvinvointiryhmään. Oppilaskunnan hallituksen kanssa käydään keskustelua siitä, kuinka koko oppilaskuntaa voidaan osallistaa terveisten eteenpäin välittämisessä.