Messerschmitt Bf 109 oli nopea, nousukykyinen ja suunnitteluajankohtaansa nähden hyvin aseistettu. Eräs sen heikkouksista oli koneen kevyestä rakenteesta johtuva kapea laskutelinemalli. Tämä lisättynä voimakkaan moottorin kiertotaipumukseen johti satoihin nousu- ja laskeutumisonnettomuuksiin. Onnettomuusalttiutta pahensi myös saksalaislentäjien jatkuvasti lyhenevä koulutus varsinkin sodan loppupuolella. Esimerkiksi Suomen ilmavoimien kokeneet lentäjät oppivat koneen hallinnan paremmin.
Suomalaisten tapa nousta ilmaan Bf 109:llä, jossa pidettiin pyrstö maassa mahdollisimman pitkään ja noustiin kolmelta pisteeltä oli myös turvallisempi kuin saksalainen tapa, jossa pyrstö päästettiin ylös heti tehojen lisäämisen jälkeen ja noustiin päälaskutelineen varasta. Suomalainen tapa laskeutua Bf 109:llä oli hallittu sakkaus solakoiden avulla kolmelle pisteelle, kun taas saksalaiset laskeutuivat päälaskutelineen varaan.
E-sarjan ongelmana oli aseistuksen kohdistaminen tykkien ja konekiväärien ominaisuuksien eron vuoksi, mikä korostui taisteltaessa hävittäjiä vastaan. F-sarjan keskitetty aseistus puolestaan vaati lentäjältä hyvää ampumataitoa koneen hallinnan ohella.
Koneen myöhemmissä versioissa (G-sarja) moottori DB 605 kärsi koko sodan ajan lastentaudeista (muun muassa käyntihäiriöt, syttyminen tuleen lennon aikana), mikä osaksi johtuikin sodan lopussa materiaalien pulasta ja materiaalien huonosta laadusta.