Toiminta-alueittain järjestettävässä opetuksessa opetetaan vaikeimmin kehitysvammaisia ala- ja yläkouluikäisiä oppilaita opetussuunnitelman perusteiden ja koulukohtaisen opetussuunnitelman mukaisesti. Kaikille oppilaille laaditaan henkilökohtainen opetuksen järjestämistä koskeva suunnitelma (HOJKS).

Opetus vaikeimmin kehitysvammaisten oppilaiden kohdalla koulussa jakautuu seuraaviin opetussuunnitelman mukaisiin toiminta-alueisiin:

sosiaaliset taidot
motoriset taidot
päivittäisten toimintojen taidot
kieli ja kommunikaatio
kognitiiviset taidot

Huhtasuon yhtenäiskoulun toiminta-alueittain järjestettävään opetukseen haetaan sähköisesti Wilmassa (koulutulokkaat) tai täyttämällä hakemus Jyväskylän kaupungin järjestämään vammaisopetukseen.