cis-trans-isomeerien piirtäminen perusasetuksilla ja (View | Implisit Hydrogen klikattuna) tuottaa viereisen kuvan mukaiset molekyylit (2-buteeni). Eri isomeerit saadaan tässä piirtämällä

cis-trans-isomeerien rakenteessa merkittävä asia on molekyylien tasomainen rakenne kaksoissidoksen ympärillä.

MarvinSketch osaa määritellä molekyylin rakenteesta onko sillä mm. cis-trans-isomeriaa. Tarkemmin sanottuna E/Z-isomeriaa (mikä on rinnastettavissa cis-trans-isomeriaan kaksoissidoksellisten yhdisteiden tapauksissa). Se voi antaa E/Z-merkinnän automaattisesti.













Kuvassa on em. tilanteen valinta kuvattu View | Stereo | E/Z Labels. Taustalla näkyy kuinka 2-buteenin viivakaavoissa merkintä ilmenee.

Jos E tai Z -kirjain-merkintää ei ”ilmesty” molekyyliin (kun E/Z Labels valinta on aktiivinen), kyseessä on molekyylistä , jolla ei ole E/Z- tai cis-trans-isomeriaa.