Metsien ja soiden biologia sisältää lukemattoman määrän toisistaan poikkeavia tutkimuskohteita. On eläimiä, kasveja, sieniä ja mikro-organismeja. Tutkimus voi kohdistua ekosysteemeistä jopa yksittäisiin geeneihin. Tutkimuksiin tarvittavat välineet ja menetelmät ovat siis lukemattomat.

Tavallisia metsä- ja suokasvillisuuden tutkimusmenetelmiä ovat kasvillisuusruudut ja -linjat. Niiden avulla suuresta kasvillisuusalasta otetaan sopiva, tutkittavissa ja laskettavissa oleva otos, josta kaikki kasvit lasketaan. Useimmiten tämä tarkoittaa jokaisen lajin peittävyysprosentin arviointia näytealalla. Tiedot kootaan taulukoiksi, joissa tuloksia voidaan laskea ja vertailla. Luontokartoitusten maastolomakkeisiin voidaan sisällyttää muitakin luontoarvoja, kuten lahopuun määrä. 

Eläinekologisissa tutkimuksissa eläimen havaitseminen ja joissakin tapauksissa kiinnisaaminen on haastavampaa kuin kasvitutkimuksissa. Lintujen havaitsemiseksi tarvitaan kiikareita, kaukoputkia ja pitkin objektiivein varustettuja kameroita. Lintuja voidaan pyydystää verkoilla rengastusta varten. Pikkunisäkkäitä voidaan pyytää sellaisilla loukuilla, jotka eivät vahingoita eläimiä.

Selkärangattomia eläimiä pyydetään mm. haaveilla, valorysillä sekä maahan upotetuilla kuoppapyydyksillä.


Lintuja voi tutkia mm. kiikareiden ja kameroiden avulla.