Biotekniikkaa käytetään myös teollisuudessa. Apuna käytetään paitsi erilaisia mikrobeja, myös lukuisia eri entsyymejä. Entsyymit ovat biologisia yhdisteitä – yleensä proteiineja, jotka saavat aikaan ja tehostavat biologisia reaktioita. Elävissä soluissa ja myös ihmisen elimistössä toimii monenlaisia aineenvaihdunta- ja ruoansulatusentsyymeitä. Näitä samoja elävissä soluissa toimivia entsyymeitä pystytään nykyään tuottamaan suuressa mittakaavassa ja nopeasti mikrobien avulla ja niitä käytetään paljon esim. elintarvikkeiden valmistuksessa, pesuaineissa ja esim. selluloosan valkaisussa korvaamaan myrkyllisiä valkaisukemikaaleja.

Entsyymien likaa irrottavat ominaisuudet ovat käytössä pyykinpesuaineissa, joissa ne saavat lian irtoamaan ilman kuumaa vettä. Kotitalouksien ja teollisuuden jätevesien puhdistamisessa tärkeimmät puhdistamon työntekijät ovat mikrobit. Ne käyttävät ravinnokseen jäteveden orgaanista aineista (uloste ja virtsa) ja tuottavat siitä energiaksi käyttökelpoista metaanikaasua (CH₄) ja muuttavat vesiä rehevöittävät typpiyhdisteet takaisin ilmakehän typeksi (N₂)_.

Mikrobit voivat käyttää eli tavallaan syödä myös öljyä: öljyonnettomuuksissa meriveden puhdistamiseen käytetään veteen levitettäviä mikrobeja. Mikrobeja voidaan käyttää myös maaperän puhdistamiseen bensiinistä, puunkyllästysaineista tai rikkaruohomyrkyistä. Kaivosteollisuudessa metalleja voidaan "irrottaa" kivestä mikrobien avulla veteen, josta ne saostetaan ja otetaan talteen.

Huomattava ja kasvava tapa käyttää mikrobeja on valmistaa niiden avulla biopolttoaineita. Mikrobit on saatu tuottamaan puusta ja teollisuuden jätteistä butanolia (C₄H₁₀), jota voidaan käyttää autojen polttoaineena. Toisessa sovellutuksessa geneettisesti muunneltu suolistobakteeri on saatu tuottamaan biopolttoainetta merilevästä. Myös biohajoavat materiaalit, kuten muovi ja niistä valmistetut tuotteet ovat uusi biotekniikan sovellus.