Ketcherin perusteet
Molekyylin rakenne- ja viivakaavan piirtäminen
Perusasetuksen määrittämisessä on mielekästä aloittaa molekyylien rakenteista (rakennekaava vai viivakaava). Sähköisessä ylioppilaskokeessa ja Abitti-kokeissa on syytä ensimmäiseksi käydä muuttamassa tietyt asetukset käyttöön soveltuviksi. Hiiliatomien näkyminen (Carbon Labels) on oleellinen päätös. Tähän valintaan liittyy päätös siitä, näytetäänkö rakennekaava ja viivakaava.
Valinta "Display cardon explicity" (kuva vieressä) näyttää hiiliatomit kemiallisella merkillä (kuten rakennekaavassa pitää olla). Tällöin valitaan "show hydrogen labels" -kohdasta On.
Viivakaavaa piirrettäessä edellä mainittuja valintoja ei tehdä ja "show hydrogen labels" -kohdasta valitaan Hetero (jolloin vetyatomit tulevat näkyviin heteroatomien kanssa, mm. aminoryhmän NH3 ja/tai hydroksiryhmän OH kanssa (kuva alla).
Ketcherissä vedyt saa näkyviin omasta painikkeesta joka on 3D-painikkeen vasemmalla puolella.
Piirrettäessä viivakaavojen (tai kaavoja tahansa) on hyvä siivota kuva (Clean Up, kuvassa vasemman puoleisin painike), jolloin molekyylin rakenne optimoidaan 2D-kuvassa (sidoskulmat ja -pituudet).
Valinta "Display cardon explicity" (kuva vieressä) näyttää hiiliatomit kemiallisella merkillä (kuten rakennekaavassa pitää olla). Tällöin valitaan "show hydrogen labels" -kohdasta On. Viivakaavaa piirrettäessä edellä mainittuja valintoja ei tehdä ja "show hydrogen labels" -kohdasta valitaan Hetero (jolloin vetyatomit tulevat näkyviin heteroatomien kanssa, mm. aminoryhmän NH3 ja/tai hydroksiryhmän OH kanssa (kuva alla).
Ketcherissä vedyt saa näkyviin omasta painikkeesta joka on 3D-painikkeen vasemmalla puolella. Piirrettäessä viivakaavojen (tai kaavoja tahansa) on hyvä siivota kuva (Clean Up, kuvassa vasemman puoleisin painike), jolloin molekyylin rakenne optimoidaan 2D-kuvassa (sidoskulmat ja -pituudet).
Huomautus
Molekyylin siirtäminen, pyörittäminen ja koon muuttaminen
Molekyylin siirtäminen työpöydällä aloitetaan valitsemalla valintatyökalu ("käsi"). 
Valintaruudun valitseminen mahdollistaa molekyylien pyörittämisen.
Valintaruudun valitseminen mahdollistaa molekyylien pyörittämisen. Sidospituudet ja sidosviivojen paksuus
Sidospituuksia ja sidosviivojen paksuuksia voi säädellä Setting-valikon Bond-kohdasta.
Sidostyypit esitelty erikseen omassa kohdassa.
Sidostyypit esitelty erikseen omassa kohdassa.Molekyylien nimeäminen
Molekyylien nimeminen ei onnistu kuten MarvinSketch-ohjelmassa. Johtaako tämä siihen, että nimeämistä pitää opettaa laajemmin ja että sen tyyppiset tehtävät (molekyylin nimeäminen tai nimestä piirtäminen) saattavat palata ylioppilaskokeisiin?