Molekyylin liikuttelu: valitse toiminto klikkaamalla työkalua hiiren vasemmalla painikkeella ja liikuta molekyyliä samalla painikkeella.

Erilaisten mallien visualisointi: Valitse sopiva malli tarpeen mukaan sillä jokaisella mallilla on eri tarkoitus. Valittavana on tikkumalli (sidokset), pallo-tikkumalli (sidokset ja atomit), lankamalli (sidokset) tai kalottimalli (atomien koko). Huomaa, että ChemSketch ei osaa visualisoida kaksois- tai kolmoissidoksia.

Sidosten ja kulmien käsittely: suurenna tai pienennä valittuja kulmia tai sidoksia.

Molekyylin peilaaminen tai kääntäminen.

Atomien ja sidosten värien muuttamisen avulla visualisoit tarvittavat osat molekyylistä.

3D-rakenteen optimointi on tärkeä sillä 2D-puolella molekyyli on rakennettu tasoon.

Animointi työkaluilla saa tehtyä yksinkertaisia gif-animaatioita, joita voi liittää esimerkiksi ppt-esitykseen.