Lutherin piileskellessä hänen kannattajansa panivat toimeksi. He järjestivät mielenosoituksia, jotka äityivät väkivaltaisiksi ja joiden seurauksena tuhottiin kirkon omaisuutta ja jopa kirkkoja. Saksanmaalle syntyi suuria uskonsotia, jonka seurauksena kuoli jopa 100 000 talonpoikaa. Tämä ei kuitenkaan ollut Lutherin tarkoitus. Hän ei myöskään halunnut erota kirkosta, vaan uudistaa sitä. Toisin kävi, ja uskonpuhdistuksen eli reformaation seurauksena syntyi luterilaisia kirkkoja ja ylipäätään Eurooppaan uusia protestanttisia kirkkoja. Merkittävä syy Lutherin protestin onnistumiselle oli se, että Saksin vaaliruhtinas tuki Lutheria ja hänen asiaansa.

Protestanttiset kirkkokunnat hylkäsivät ne opit, joihin ne eivät löytäneet perusteita Raamatusta. Luterilainen kirkko poisti anekaupan lisäksi kirkon sakramenteista muut paitsi kaksi. Nämä olivat kaste ja ehtoollinen, jotka Jeesus itse oli asettanut. Myöskään pyhiinvaelluksia tai pappien naimattomuutta ei hyväksytty. Anekaupan sijaan pelastuksen perusta löydettiin Jumalan armosta. Lutherin lause sola fide, sola gratia, solus Christus – yksin uskosta, yksin armosta, yksin kristuksen tähden, nousi kulmakiveksi.

Luther opetti myös yliopistossa ja häntä tultiin kuulemaan kaukaa, aina jopa Suomesta asti. Näin hänen oppinsa alkoivat levitä Pohjoismaihin ja Saksan naapurimaihin. Merkittävä tuore keksintö, joka auttoi Lutheria ja hänen tukijoitaan, oli kirjapainotaito. Myöhemmin Luther käänsi saksaksi koko Raamatun, josta tuli menestysteos ja saksankielisen kirjallisuuden tärkein kirja. Se toimi myös pohjana uusille raamatunkäännöksille.

Luther painotti Sanan ja sakramenttien merkitystä kristityn elämässä, jotta Jumalan sato kypsyy oikeanlaiseksi. Pikari ja öylätti eli ehtoollisleipä kuuluvat ehtoollisen sakramenttiin. Toinen raamatunmukainen, eli Raamatussa mainittu, sakramentti Lutherin mukaan on kaste.