4. 3D-Mallinnus

Rakenteiden vienti 3D-puolelle

Tähän mennessä on tutustuttu 2D-puolen työkaluihin. Seuraavaksi siirrytään 3D-puolelle. Structure-tilassa rakennetut rakenteet siirretään 3D-puolelle seuraavalla työkalulla.
3D.png

3D-visualisointi

ChemSketchin 3D-työtila on seuraavanlainen:
3D-puoli.png

Sieltä löytyy seuraavat työkalut:

  • Molekyylin liikuttelu: valitse toiminto klikkaamalla työkalua hiiren vasemmalla painikkeella ja liikuta molekyyliä samalla painikkeella.

  • Erilaisten mallien visualisointi: Valitse sopiva malli tarpeen mukaan sillä jokaisella mallilla on eri tarkoitus. Valittavana on tikkumalli (sidokset), pallo-tikkumalli (sidokset ja atomit), lankamalli (sidokset) tai kalottimalli (atomien koko). Huomaa, että ChemSketch ei osaa visualisoida kaksois- tai kolmoissidoksia.

  • Sidosten ja kulmien käsittely: suurenna tai pienennä valittuja kulmia tai sidoksia.

  • Molekyylin peilaaminen tai kääntäminen.

  • Atomien ja sidosten värien muuttamisen avulla visualisoit tarvittavat osat molekyylistä.

  • 3D-rakenteen optimointi on tärkeä sillä 2D-puolella molekyyli on rakennettu tasoon.

  • Animointi työkaluilla saa tehtyä yksinkertaisia gif-animaatioita, joita voi liittää esimerkiksi ppt-esitykseen.

Animaation teko

Animaatio on yksittäisistä staattisista ruuduista (frame) koostuva kuvaesitys, jossa liike saadaan aikaan esittämällä kuvat peräkkäin muuttamalla hieman niiden asetelmaa.

anim.png
Animaatiotyökalut

ChemSketchissä animointiprosessi on seuraava:
  1. Aloita uusi animaati (frameset) ensimmäisellä painikkeella.
  2. Lisää uusi ruutu (frame) toisella painikkeella ja muuta hieman systeemin asetelmaa.
  3. Kolmannella työkalulla saat viimeksi lisätyn ruudun pois, jos tulit lisänneeksi animaation jotain turhaa.
  4. Tallenna lopuksi animaatio valikosta File > Save as > Animated gif.

Voit myös ohittaa vaiheet 2-3 ja käyttää neljättä työkalua, jolla voi tehdä automaattisesti molekyylien pyörimisanimaatioita.

Kuvana tallentaminen

Tallenna molekyyli 3D-kuvana valikosta File > Save as > gif.

noname03.gif
Huomaa, että tausta kannattaa muuttaa valkoiseksi jos tarkoituksena on tulostaa kuva. Säästetään mustetta ;)