Protonien lukumäärä atomin ytimessä määrää, minkä alkuaineen atomi on kyseessä. Tätä protonien lukumäärää ytimessä kutsutaan kyseisen alkuaineen järjestysluvuksi (Z). Näin alkuaineet saadaan järjestyslukunsa mukaiseen jonoon, jossa vety on paikalla 1, happi paikalla 8 ja esimerkiksi rauta paikalla 26.


Heliumatomissa on kaksi protonia. Heliumin järjestysluku on siis 2.